工程款支付的款项包括：工程预付款、工程进度款、工程结算款、工程费用、工程质量保修金及设备质量保修金等。

1、对厂房工程，应记入工程成本，与工程款均通过在建工程科目核算，完工后转入固定资产；2、如为预付工程款，收到结算单或发票后将预防账款转在建工程，工程完工后全部结转到固定资产；3、从达到预计可使用状态开始计提折旧。